Разработката на процедура за оценка на безопасността на храните, получени чрез ГММ се основава на следните важни принципи:

• Отчитане на здравните аспекти на човешката популация, включително  хората в риск (имуно-компрометираните, старите хора и децата).
• Използването на научни данни като основа за оценка на риска и приложението на методите на добрите практики. Повторен преглед на оценката на риска в светлината на новополучените данни.
• Детайлно охарактеризиране на процедурата за генетично модифициране – т.е описание на феномените делеция/инсерция на ДНК секвенции, реципиентен микроорганизъм, основен донорен организъм, вектори, включени в конструирането на ГММ, конструкта, получените ГММ.

Тези индикатори трябва да се прилагат, като се отчетат няколко важни причини за нуждата от оценка на риска от производството и консумацията на храните, получени чрез ГММ. Индикаторите отчитат както следва:

• Механизъм за излагане на хората на действието на храните или на самия ГММ.
• Информация за възможен вторичен ефект от генната експресия, метаболитните пътища в гостоприемника и  разграждането на ДНК .
• Пълна характеристика на използваната хранителна среда (макро- и микро-хранителни елементи) за култивиране на микроорганизмите и образуването на странични продукти; ендогенни токсини, алергени и физиологично активни вещества.
• Охарактеризиране на присъщите разлики между микроорганизмите и растенията, както и за въздействието на хранителната матрица върху ГММ.