Оценката на безопасността на храните, получени с помощта на ГММ се осъществява основно чрез следните изследвания:

• Директно въздействие върху здравето (токсичност).
• Способност да предизвикват алергични реакции (алергенни свойства).
• Определяне на специфични компоненти от микроорганизма, предизвикващи хранителни и токсични въздействия.
• Оценка на стабилността на включения ген.
• Определяне на хранителните последствия, свързани с генетичната модификация.
• Неочаквани последствия, в резултат на генния трансфер.