5.6. Mikrobiyal patojenite
Genellikle, fermente gıdaların (örn; laktik, propiyonik, asetik asit bakterileri, mayalar (Saccharomyces, Kluyveromyces), Penicillium, Aspergillus gibi bazı ipliksi mantarlar) üretimi için biyoteknolojide kullanılan mikroorganizmalar, insan kullanımı için güvenli kabul edilmektedir. İnsanlarla uzun bir ortak yaşam hikâyeleri bulunmaktadır ve genellikle güvenli ve nonpatojen olarak kabul edilmektedir. Şiddetli kor hastalığı olan hastalarda bazı enterik laktik asit bakterilerin neden olduğu çok nadir bakteriyemi ve endokardit durumlarıyla ilgili bazı veriler vardır. Bu vakalar, bu mikroorganizmaların hiçbir şekilde gıda kaynaklı patojenler olduğunu göstermez.
Gıda kaynaklı patojenlerin, gıdada ya da insan mide-bağırsak kanalında istilacı ve/veya toksik etkisi bulunmaktadır. Diğer bir grup mikroorganizma olan fırsatçı patojenler, genel olarak sağlıklı bir kişi için tehlikeli değildir, ancak sağlık riski taşıyan kişilerin durumunda, bazı riskler teşkil etmektedir. Son zamanlarda, moleküler teknikler kullanılarak birçok gıda kaynaklı ve fırsatçı patojenlerin genomları, tamamen sekanslanmıştır ve patojenik etkiden sorumlu olan genler belirlenmiştir. Bu başarılar, gıda endüstrisinde kullanılan farklı mikroorganizmaların genomlarında, benzer genetik bilginin tanımlanması için bir fırsat sunmaktadır. Gıda fermantasyonun da kullanılan mikroorganizmaların sekanslanmış birkaç genomuna ait verilerinin değerlendirilmesi, bilinen patojenite özelliklerine sahip olmayan iki örneği (Saccharomyces cerevisae, Lactococcus lactis) göstermektedir.
Sonuç olarak, uzun vadeli güvenli kullanım ve yakın zamanda elde edilen genetik kanıtlar, gıda endüstrisinde kullanılan mikroorganizmaların çoğunluğunun genetik geçmişinin, patojenite adalarına ve patojenite için diğer belirleyicilere sahip olmadığını göstermektedir.
Patojenite için bu ana hususların yanı sıra, dikkate alınması gereken bazı ek etkiler de bulunmaktadır.
Metabolik tutarsızlık, "sessiz" genlerin ifadesi, mikrop ve bağırsak bağışıklık sistemi arasındaki cross-talk iletişiminin değişimi gibi genetik manipülasyon sonuçlarından kaynaklanan genetiği değiştirilmiş mikroorganizmaların bazı istenmeyen etkileri, ana hatlarıyla belirtilebilir. Bu etkiler, Laktik asit bakterileri, mayalar (asetaldehid, formik asit, biyojenik aminler) ve mantarlar Penicillium camamberti (roqueforti) (siklopiazonik asit veya roquefortin), toksinleri kodlayan bazı genlerin ifadelerinde; istenmeyen immün tepkilerinin ortaya çıkmasında; GI yolunun diğer hücrelerinde (örn. enterositler) istenmeyen reaksiyonlarda temelde toksik etkisi olmayan ortak metabolitlerin miktarını, kabul edilemez bir miktara çıkarmakla ilgilidir.
