5.3.4. Mέθοδοι που βασίζονται σε RNA

Σε αυτές τις μέθοδους διεξάγεται ειδική δέσμευση μεταξύ του μορίου RNA και του εκκινητή (συνθετικό RNA ή ολιγονουκλεοτίδιο DNA). Ο εκκινητής που είναι συμπληρωματικός προς το πρώτο μόριο RNA, συνδέεται με αυτό, διαμορφώνοντας ένα ετεροδιπλό διπλής αλυσίδας, παρόμοιο με το DNA. Χρησιμοποιώντας την αντίστροφη μεταγραφάση διεξάγεται de novo βιοσύνθεση του DNA, το οποίο μπορεί στη συνέχεια να ενισχύθεί με PCR και να ανιχνευθεί. Ένα μειονέκτημα αυτής της μεθόδου είναι το γεγονός ότι οι ειδικοί εκκινητές μπορούν δεν μπορούν να κατασκευαστούν χωρίς γνώση της σύνθεσης του RNA που πρόκειται να ανιχνευθεί.